Das 16. und 17. Jahrhundert
Ein Rückgang der Wallfahrerzahlen in der Reformationszeit lässt sich zwar nicht belegen, gilt aber angesichts der Verhältnisse in anderen Wallfahrtsorten als sicher.
Ende des 16. Jahrhunderts blühte die Wallfahrt aber wieder auf.
So berichtet der Mesner Hans Schmid für das Jahr 1587, das >>im Sommer zwischen Ostern und Michaeli (29. September) über 2000 Pilger mit ihren Kreuzen und unter Glockengeläut ein- und auszogen und die vielen Gottesdienste besuchten<<. Die Gläubigen kamen von Tuntenhausen, Heilig Blut, von einer ungenannten Allerheiligenkirche, von Ebersberg, Helfendorf, Wättenkirchen, Beuern, Laus, Höhenrain und anderen Orten.
Irgendwann zu dieser Zeit fand eine Umwidmung des Patroziniums statt. Während 1590 noch die althergebrachte Heilig- Geist- Wallfahrt überliefert ist, erscheint 1642 die Wallfahrt zur Heiligen Dreifaltigkeit. Die genaue Zeit und die Ursache dieser Wandlung lassen sich mangels Quellen nicht mehr nachvollziehen.
Ihren Höhepunkt erreichte die Wallfahrt in der Zeit vor dem Dreißigjährigem Krieg. Die Ausstattung wurde zum Teil erneuert, 1622 wurde auch ein Mirakelbuch angelegt. Es ging aber ebenso verloren wie die meisten Votivtafeln. Wenn der Pilgerandrang gar zu groß wurde, konnte der Priester über eine heute nicht mehr erhaltene Fensterkanzel ins freie predigen.
Das Verhältnis der Klosterhofmark Thal zum Kloster Fürstenfeld war zu dieser Zeit aber nicht mehr allzu eng, und obwohl die Kirche ständig mit Klosterangehörigen besetzt war, wurde die Seelsorge meist vom Pfarrer aus Kirchdorf übernommen. Es kamen wohl gelegentlich Fürstenfelder Äbte nach Thal, die weltlichen Angelegenheiten wurden aber in der Regel von einem Amtmann übernommen.
Quelle: W. Lehner “Die Zisterzienserabtei Fürstenfeld in der Reformationszeit” ,2001